賽默飛離子色譜柱管內填有顆粒大小均勻的固定相，一般商品化離子色譜柱填料主要用5~15μm顆粒的高分子聚合物小球，特定場合下也采用無機氧化物（如硅膠）顆粒，目前離子色譜柱所用填料的顆粒主要為球形，而針對填料表面結構性質（孔隙的大小），填料可以分離微孔型、大孔型和超孔型，隨著離子色譜應用于復雜樣品越來越多，對離子色譜柱的交換容量要求也越來越高，超孔型填料也是離子色譜的一個發展趨勢。 賽默飛離子色譜柱是離子色譜儀的核心部件之一，樣品中各種離子的分離均在色譜柱中完成，并且一般比常規高效液相色譜柱價格要貴很多。因此，對賽默飛離子色譜柱的維護保養十分重要。
（1）接離子色譜柱前確保系統已清洗干凈。色譜柱在任何情況下不能碰撞、彎曲或強烈震動；很多單位的離子色譜儀是陰、陽離子混用的，因此，接色譜柱前，一定要保證整個離子色譜儀上的所有閥件或管路已清洗干凈，避免造成色譜柱堵塞。
（2）確保色譜柱不進入顆粒物。樣品一定要經過預處理，去除顆粒物等會給泵和色譜柱帶來負擔的物質。
（3）確保離子色譜柱不干燥。每天分析工作結束后，要清洗進樣閥中殘留的樣品，還要用適當的溶劑來清洗柱；若分析柱長期不使用，要參照色譜柱保存辦法，在沖洗干凈后，對陰離子柱要通入一定濃度的堿（對陽離子柱要通入一定濃度的酸），并將色譜柱取下兩端密封保存。
（4）確保色譜柱在一定壓力、流速條件下運行。儀器使用時一定要先檢查整個流動管路中是否有氣泡，如果有，需要先將氣泡排除后再將色譜柱接上，防止將氣泡帶到色譜柱中。因為色譜柱中裝填的樹脂顆粒很小，氣泡進入后將影響樹脂和樣品中離子的交換，同時氣泡也將影響基線的穩定性。
